Durante los siglos XII y XIII, en pleno proceso de la Reconquista, el Aljarafe sevillano fue un territorio estratégico clave en los enfrentamientos entre el mundo islámico y los reinos cristianos del norte peninsular. En este contexto, el territorio del actual Tomares se vio profundamente influido por los grandes acontecimientos militares y políticos de la época, especialmente por su cercanía a la ciudad de Sevilla y por su vinculación con el importante enclave fortificado de Hisn al-Faray (el actual castillo de San Juan de Aznalfarache).
Tras la derrota cristiana en la batalla de Alarcos (1195), la iniciativa militar en la Península Ibérica estuvo, durante décadas, en manos de los almohades, que habían hecho de Sevilla la capital de su imperio en al-Andalus. No obstante, la situación cambió drásticamente tras la gran victoria cristiana en la batalla de las Navas de Tolosa (1212), en la que participó el joven Fernando III de Castilla, entonces heredero al trono.
Esta derrota marcó el inicio del colapso del poder almohade en la península, y con él, la apertura de una nueva etapa de expansión castellana hacia el sur. Insurrecciones internas, luchas sucesorias y la descomposición del poder central almohade facilitaron el avance cristiano, que se fue consolidando paso a paso.
La gran empresa de Fernando III fue la conquista de Sevilla, una ciudad clave tanto por su peso político como por su posición geográfica y su control del río Guadalquivir. En este proceso, el Aljarafe desempeñó un papel esencial: su altitud y dominio visual sobre el río lo convertían en una retaguardia militar de gran valor.
El maestre de la Orden de Santiago, Pelayo Pérez Correa, fue encargado por el rey de asegurar el control del Aljarafe. Tomó el castillo de Aznalfarache, que se convirtió en cuartel general cristiano durante el asedio. Desde esa posición, los cristianos podían cortar la comunicación fluvial de Sevilla, vigilando el tránsito de barcos y dificultando la resistencia almohade.
En paralelo, el almirante Ramón Bonifaz bloqueó la ciudad por el río y logró una acción simbólica y decisiva: la ruptura del Puente de Barcas que unía Sevilla con Triana, el 3 de mayo de 1248. Sevilla quedó aislada.
El asedio comenzó el 24 de agosto de 1248 y terminó el 23 de noviembre del mismo año, con la rendición de la ciudad. Tras la conquista, el castillo de San Juan de Aznalfarache —el antiguo Hisn al-Faray— fue donado el 25 de febrero de 1249 a la Orden Militar de San Juan de Jerusalén (posteriormente conocida como la Orden de Malta). La donación se confirmó legalmente en 1253, y aún hoy, el escudo de San Juan de Aznalfarache conserva la cruz de Malta y un castillo, en memoria de aquel episodio decisivo.
Aunque no existen registros específicos de un núcleo urbano consolidado en el actual Tomares en ese momento, su territorio estaba vinculado directamente al entorno del castillo de Aznalfarache, del que dependía en lo militar y lo administrativo. La ubicación elevada de Tomares y su proximidad al río lo convertían en un espacio de paso, de vigilancia y de abastecimiento.
Tras la conquista, el Aljarafe comenzó un proceso de reorganización bajo dominio cristiano. Se repoblaron sus tierras, se reorganizaron sus caminos y se distribuyeron nuevas propiedades. Así, el territorio de Tomares se integró plenamente en la nueva estructura feudal castellana y comenzó a trazar su historia dentro del reino de Castilla.
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